Jair Bolsonaro sinh ngày 21 tháng 3 năm 1955 tại thành phố Glicério, bang São Paulo, ở vùng đông nam Brazil, cha mẹ là Perci Geraldo Bolsonaro và Olinda Bonturi, cả hai đều là người gốc Italia.Bolsonaro đã kết hôn ba lần và có năm người con. Người vợ đầu tiên của ông là Rogéria Bolsonaro (người mà ông có ba con trai: Flávio, Carlos và Eduardo). Cuộc hôn nhân thứ hai của ông là với Ana Cristina (người mà anh có một đứa con, Renan). Người vợ thứ ba và hiện tại của ông là Michelle de Paula Firmo Reinaldo Bolsonaro, người mà anh có con gái duy nhất của mình, Laura.